Parasite Eve 2, agora ela faz parte de uma equipe chamada M.I.S.T, que cuida do controle das eventuais mutações ocorridas devido às influências das mitocôndrias nas células.

Enredo

Três anos após o incidente de Manhattan, em setembro de 2000, Aya Brea é uma agente do FBI que trabalha na Equipe de Investigação e Supressão de Mitocôndrias (MIST). O jogo começa com Aya praticando tiro ao alvo com o colega de trabalho Pierce Carradine. Aya erra atirando em uma mulher, e Pierce brinca se ela tem algo contra garotinhas. Após a sessão, Pierce informa a Aya que seu chefe, Eric “Hal” Baldwin, despachou Aya em uma missão urgente na Torre Akropolis em Los Angeles, Califórnia, após relatos de atividade do NMC.

Ao chegar ao prédio alto, Aya descobre uma cena perturbadora. Nos andares superiores, ela encontra uma equipe da SWAT abatida e uma infestação de NMC. Aya encontra uma mulher encalhada sentada em um café. Quando Aya toca seu ombro, a mulher cai no chão e se transforma em um monstro. Aya é salva por outro colega de trabalho, Rupert Broderick. Depois de lutar pelos níveis mais altos da torre, Aya encontra uma criatura misteriosa; uma Criatura Neo-Mitocondrial Artificial humanóide (ANMC) chamada No. 9 GOLEM. Depois de lutar contra a nova criatura, No. 9 desencadeia uma série de bombas, destruindo a Torre de Akropolis. No entanto, Aya e Rupert escapam em um helicóptero da polícia no último minuto.

Depois de retornar à sede do MIST em Los Angeles, Aya é encarregada por seu chefe Hal de investigar estranhos incidentes ocorridos na cidade deserta de Dryfield, no sudoeste americano. A cidade consiste em uma parada de caminhões em uma estrada raramente usada, com um motel, garagem e lanchonete. Ao chegar, ela descobre que Dryfield também está infestada de NMCs. Mais tarde, ela encontra um sobrevivente, Gary Douglas, e seu cachorro  Flint, que atua como sua fonte de notícias e equipamentos para grande parte do jogo. Mais tarde, ela resgata Kyle Madigan, um investigador particular que afirma estar em um caso que envolve a investigação do ” Shelter “, uma instalação subterrânea próxima que pode conter as respostas para o recente surto de NMCs.