O jogo se passa em San Miguel, cidade natal de Django. Quando Django chega, ele é confrontado por um vampiro misterioso que rouba a Gun Del Sol (Solar Gun) e de alguma forma a usa em Django. Desarmado, ele atravessa a masmorra e é recebido por Zazie, a garota Girassol. Ela concede a ele o Sol de Vice (luva solar), que dá a Django a capacidade de encantar armas comuns, como uma espada, com o poder do sol.

Ele chega ao que resta de San Miguel. Ao chegar ele descobre que o vampiro que roubou a Gun Del Sol já passou por aqui. Ele ouve que Smith, o ferreiro da cidade, está desaparecido. Ele decide ir encontrar Smith na esperança de descobrir algo sobre o vampiro. Ele é informado por Zazie que ela viu Smith dirigir-se para a catedral. Django decide que aquele era o melhor lugar para começar a procurá-lo. A história evolui daqui para algo muito maior.

No final do jogo, Django recuperará sua Arma Solar; no entanto, será muito danificado devido ao uso dele pelo vampiro também conhecido como Ringo. Embora o personagem conhecido como Smith o conserte, ele não pode ser restaurado à sua funcionalidade original.

Se o jogador optar por continuar seu jogo depois de vencê-lo, ele começará de onde o jogo foi salvo pela última vez, em vez de como a função continue funcionava no Boktai 1 , onde o jogador precisava reiniciar o jogo. Existem quatro finais diferentes que são um pouco os mesmos, além dos personagens que estão conversando com Django, que basicamente falam sobre escuridão e luz precisando estar juntos para que ambos coexistam, e que, exatamente, ajudaram Django durante o batalha final. Os personagens incluem Earthly Maiden Lita, Dark Boy Sabata, a bibliotecária chamada Lady e a neta de Smith chamada Violet (Sumire no Japão).

Os caminhos para cada final dependem do número de vezes que o jogador derrotou o chefe final, o Doomsday Beast Jormungandr. Após derrotá-lo pela primeira vez, o jogador conversará com Zazie. Após a primeira derrota de Jormungandr, o jogador não pode lutar contra ele novamente até que a missão secundária de Megaman (Rockman) seja concluída com Shademan. Quando isso for concluído e Jormungandr for derrotado novamente, o jogador falará com Violet novamente. Quando Jormungandr for derrotado pela terceira vez, o jogador poderá conversar com Sabata. Derrote Jormungandr novamente e o jogador falará com Lady. Uma última vez, e o jogador falará com Lita. O ciclo então se repete ao derrotar Jormungandr.

Há um total de dois finais ruins. O primeiro final ruim é na Torre Espiral enquanto Django e Sabata estão conversando com o Black Dainn. Dainn dirá ao Django para se tornar seu “Dark Sun”, e uma escolha aparecerá dizendo “Join Black Dainn” ou “Refuse!!” Escolher “Join Black Dainn” resultará em uma cena curta e depois nos créditos. O segundo final ruim ocorre depois de lutar contra o Ancestor Piece Jormungandr. Se o jogador não conseguir carregar energia solar suficiente dentro do limite de dez segundos, Jormungandr engolirá Django e o jogador não conseguirá selar a Besta do Juízo Final.

Há uma série de novos personagens adicionados nesta edição da série. Kid, que administra a loja de poções/armaduras, é encontrado em um certo ponto desse jogo. Lady dirige a biblioteca, serve como mestre de guilda e também é mestre de tarô. Cheyenne, o Guerreiro do Vento, administra a loja de armas assim que o jogador o derrota em combate. Um homem sombrio administra uma loja de caixões com muitos caixões especiais. Além disso, Solid Snake (da série Metal Gear ) faz uma participação especial como ???.

Personagens mais antigos, como Mestre Otenko, Sabata e Lita (que por acaso administra a loja de itens) também retornam. No entanto, a função de Lita mudou um pouco; além de cuidar da árvore solar, ela agora vende frutas, eliminando a necessidade de cultivá-las como no primeiro jogo. Seus preços dependem de quanta energia solar foi coletada no dia anterior.